一度就職した後に大学に入学しました。卒業時は職歴があっても、新卒扱いになるのですか？

大学卒業時は新卒扱いとなります。ですが、企業によっては新卒採用枠として「22?26歳まで」というように年齢の制限を設けている場合もあります。

また、企業に勤めていた経験を活かし、中途採用枠での選考も検討してみると良いでしょう。
中途採用では、即戦力として活躍できる人材が求められますので、前職の経験を活かせる職種であれば、大学で学んだ知識だけでなく、実務経験を持っていることがプラスの要素となります。